500本に及ぶソメイヨシノで境内は桜一色に。金閣浮御堂が建つ文殊池の周囲に桜が咲き乱れ、展望台から圧巻の桜景色が望めます。本堂前には、「天空の庭　高見の郷」より奉納植樹された「仲麻呂望郷しだれ桜」が立っています。

春になると、約200株の山吹（やまぶき）がほころび、境内の観音石仏を優しい黄色で彩ります。般若寺の山吹は一重咲き、八重咲き、白山吹の3種類。一番の見頃は例年4月中旬です。

深山幽谷の境内に約3000株もの石楠花（しゃくなげ）が咲き誇ります。仁王門周辺や、鎧坂から五重塔にかけての参道で、華麗に花開く石楠花の姿が楽しめます。

浄土庭園に約80種3000株もの牡丹（ぼたん）が、色と美しさを競うようにして咲きます。その光景はさながら當麻曼陀羅に描かれる極楽浄土。日除けの和傘をかざした牡丹は貴婦人のようです。

4月下旬から5月初旬にかけて、約1000株もの平戸ツツジが色鮮やかな花を咲かせます。また5月初旬から中旬にかけては、本堂前の放生池に青紫色の杜若（かきつばた）が咲き、目にも涼やかな光景に。

境内の「お花畑」に約80種500株のバラが栽培されています。ブルームーン、レッドライオン、ピースなど、世界各国を原産地とする色とりどりのバラが咲き、辺りは華やかな芳香に包まれます。